Como consecuencia de los sismos del 19 de septiembre de 1985, en el Estado de México el 21 de abril de 1986, se fundó el Comité de Solidaridad Mexiquense, como un órgano de apoyo en las labores de auxilio y reconstrucción, mismo que en agosto del mismo año, se integra como Consejo Estatal de Protección Civil, siendo éste el órgano de consulta y participación.
Posteriormente el 12 de mayo de 1992, se creó la Dirección General de Protección Civil, con facultades para instrumentar, coordinar, vigilar y evaluar el Sistema Estatal de Protección Civil. En ese mismo año, se modifica la Ley Orgánica Municipal, en la que se establece que los municipios deberán crear sus consejos y unidades de protección civil.
Para el 1° de febrero de 1994, se aprobó la Ley de Protección Civil del Estado de México, misma que fue abrogada por el Libro Sexto del Código Administrativo del Estado de México, publicado en la "Gaceta del Gobierno", el 13 de diciembre del 2001, la cual tiene por objeto regular las acciones de protección civil en el Estado de México.
Por acuerdo del ejecutivo, el 1° de febrero del 2006 la Dirección General de Protección Civil, es incluida en la estructura orgánica de la entonces Agencia de Seguridad Estatal, como un órgano desconcentrado de la Secretaría General de Gobierno.
Más tarde el 5 de noviembre de 2010, se publicó el reglamento de dicho Libro Sexto del Código Administrativo del Estado de México.
Por decreto del H. Legislatura del Estado de México, el 18 de octubre del 2011, la Agencia de Seguridad Estatal, cambia de categoría a Secretaría de Seguridad Ciudadana, y la Dirección General de Protección Civil, continuó como una de sus unidades administrativas.
Por decreto del Ejecutivo, el 13 de noviembre de 2014, las facultades de protección civil son trasferidas a la Secretaría General de Gobierno, quien las ejercerá a través de la Coordinación General de Protección Civil, constituida a partir de la entonces Dirección General de Protección Civil, adscrita a la Secretaría de Seguridad Ciudadana.
En el mes de noviembre de 2020, la Secretaría de Finanzas autorizó una reestructuración administrativa a la Secretaría General de Gobierno en la Coordinación General de Protección Civil, la cual cambió su denominación a Coordinación General de Protección Civil y Gestión Integral del Riesgo, así como los cambios a su estructura actual.